Pada 14 September 1908, kerajaan penjajah Belanda menubuhkan Suruhanjaya Pendidikan dan Pembacaan Rakyat (Belanda: Commissie voor de Inlandsche School en Volkslectuur), kemudian dipendekkan kepada Suruhanjaya Pembacaan Rakyat (Belanda: Commissie voor de Volkslectuur).[3] Bersama-sama dengan Boedi Oetomo, ia berkhidmat untuk membawa pendidikan formal kepada penduduk asli Indonesia.[4]

Pada masa itu, terdapat banyak penerbitan percuma yang menerbitkan karya sama ada dalam bahasa Melayu pasar atau bahasa Melayu Cina. Kerja-kerja ini berada di luar kawalan kerajaan penjajah dan dianggap membahayakan moral masyarakat.[5] Untuk memberikan "bacaan yang sesuai untuk orang asli Indonesia,"[6] Suruhanjaya telah dirasmikan sebagai Pejabat untuk Pembacaan Rakyat (Belanda: Kantoor voor de Volklectuur) pada tahun 1917. Pada tahun 1918 ia dinamakan Balai Pustaka.[5]

Pada mulanya, Balai Pustaka mengeluarkan terjemahan bahasa Melayu bagi novel-novel popular dari Barat, termasuk The Adventures of Tom Sawyer, The Last of the Mohicans, dan Sans Famille. Ia juga menerbitkan cerita pendek bahasa Melayu asal seperti Penghibur Hati. Dengan penerbitan Azab dan Sengsara pada tahun 1920, Balai Pustaka mula menerbitkan novel-novel asli.[5]

Pada masa ini, Balai Bahasa mengamalkan penapisan ketat. Karya seperti Salah Asuhan telah disekat daripada penerbitan sehingga mereka memenuhi tuntutan penerbit.[7] Penggunaan Bahasa Melayu formal juga diwajibkan; keperluan ini membawa kepada jumlah terbitan penulis-penulis Sumatera yang tidak seimbang.[3]

• Djasa jang Ta' Diloepakan (Bahasa Melayu; 1943, antara karya yang terpilih untuk diterbitkan)

Semasa Perang Dunia Kedua dan perang kemerdekaan Indonesia, kawalan Balai Pustaka berubah tangan dua kali. Selepas Belanda menyerah kalah, orang Jepun memberikan kawalan Balai Pustaka kepada orang asli Indonesia. Ia kemudiannya diundur semula oleh Belanda pada bulan Julai 1947, dan kemudian secara rasmi kembali kepada kawalan Indonesia pada tahun 1949 ketika Belanda secara rasmi memperakui kemerdekaan Indonesia.[8]

Pada masa ini, Balai Bahasa ialah penerbit milik negara. Selain daripada menerbitkan buku, ia juga mencetak peperiksaan kebangsaan untuk sekolah menengah tinggi, vokasional, dan sekolah rendah.[9] Sehingga 2011, Balai Pustaka menghadapi pembubaran jika ia tidak dapat mendapatkan keuntungan.[2]